Центр по профилактике и борьбе со СПИД Санкт-Петербурга был основан в 1989 году при инфекционной больнице №30 им. Боткина, а в 1991 году для него было выделено новое помещение на базе Центра «Ювента», где он и располагался до 1997 года, а в 1998 году он получил новое отдельное помещение, где и функционирует и по сей день, точнее – его поликлиническое подразделение.