Городская больница №6 Ростова-на-Дону имеет следующие отделения: хирургическое, гинекологическое, неврологическое, терапевтическое, поликлиническое, клинической лабораторной диагностики, ультразвуковой диагностики, эндоскопии, рентгенодиагностический кабинет, функциональной диагностики, физиотерапевтическое.